La investigación como objetivo está presente en las actividades del Parque con variados convenios con destacadas universidades de Chile, institutos y ONGs, donde estudiantes e investigadores han realizado trabajos de doctorado, magíster y muchas prácticas universitarias que han ido enriqueciendo la información para la línea base del Parque, además de permitir a los estudiantes y docentes poner en práctica sus conocimientos y habilidades.
Las becas entregadas entre el año 2008 al 2011 para tesis de pre y postgrado profundizaron en temas relacionados con flora y fauna, generando nuevos conocimientos respecto a especies nativas, de las cuales poco se sabe. A estos esfuerzos iniciales se le han sumado decenas de otros investigadores que han trabajado en el territorio de Tantauco, desarrollando sus investigaciones en temas tan variados como: monito del monte, limnología de lagos, arácnidos, murciélagos, pudú, ranita de Darwin, ciprés y muchos otros.
Las líneas de investigación del Parque se concentran en los cinco objetos de conservación del Parque: Ciprés de las Guaitecas, Zorro de Chiloé, Turberas, el Bosque Nord-Patagónico y la Cultura de los Chonos. En ese marco de trabajo, se han hecho estudios en áreas relacionadas con la flora, como por ejemplo la regeneración de ciprés de las Guaitecas; trabajos de línea base en fauna emblemática tales como zorro de Chiloé, pudú, monito del monte, guiña, huillín y ranita de Darwin, y temas de desarrollo comunitario como lo es el diseño de rutas turísticas de avistamiento de cetáceos. Todos estos trabajos han sido puestos a disposición de la comunidad nacional e internacional y han contribuido a enriquecer el conocimiento científico y la toma de decisiones para la conservación en el Parque.
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