El plan de manejo de la conservación en Parque Tantauco define los objetos de conservación del Parque: Zorro de Chiloé, Bosque Nordpatagónico, Turberas, Ciprés de las Guaitecas y como objeto cultural, los Chonos. El trabajo de conservación se enfoca en estas especies y ecosistemas, definiendo las principales amenazas y factores que contribuyen a potenciar esas amenazas.
El plan de monitoreo de flora y fauna es un trabajo importante que es realizado por nuestros Guardaparques que instalan y revisan cámaras trampa que permiten identificar la presencia de especies emblemáticas; Zorro, Pudu, Huillín, Monito del Monte, Guiña, asi como también invasoras, como el visón. Adicionalmente se llevan registros históricos de pluviometría y de nivel freático de turberas a través de piezómetros ubicados en el sector Norte del Parque.
En colaboración con ONGs, instituciones y universidades se potencia este trabajo. Se han realizado talleres de manejo, traslado y rescate de fauna, censos de aves, operativos veterinarios, asi como análisis de impactos de perros y gatos en la fauna local. Tantauco colabora activamente con el Centro de Rescate de fauna Chiloesilvestre, liderado por el médico veterinario Javier Cabello y su equipo, siendo parte además de la mesa provincial de protección de fauna.